داستان ماجراجویی‌های کاپیتان فلینت و دزدان دریایی‌اش را روایت می‌کند که حدود بیست سال پیش از رویدادهای رمان کلاسیک «جزیره گنج» رابرت لوئیس استیونسون رخ می‌دهد، و دنیای پرهیجان و پرچالش دزدان دریایی را به تصویر می‌کشد

داستان فیلم در مورد یک مستعمره فضایی از مریخ به نام "سیلاس" است که در زمان مأموریت خود مورد حمله تمدنی واقع در ماه قرار می‌گیرد و بر روی زمین سقوط می‌کند. حال او با از دست دادن حافظه خود، به نیروهای مقاومت می‌پیوندد تا کهکشان را از انقراض انسانی نجات دهد، اما ...